国企施工单位辞职要交5000元违约金

律师你好，我是今年刚毕业参加工作，学的是土木工程专业。去年校招与中铁建XX局签订了三方协议，今年7月8号与公司签订了为期五年的劳动合同，还附带签了一份培养协议（如图）。因为工作环境和工作时长的原因我在12月16号向领导提出了辞职，被告知要交5000块钱的违约金。但是这个违约金是以培训为理由收取的，可是我从入职到现在公司没有对我进行过任何培训，连入职培训也因为疫情取消了。公司承诺的培养基金第一年的1万元现在也没发给我，还有三个月的工资没发，我的那一份劳动合同现在也没给我。我想问一下，这份协议是否合法，我不想交这5000元是不是应该申请劳动仲裁。